A Fall Out Boy 2001ben indult Wilmette-ből, egy Chicago környéki kisvárosból. Patrick Stump (ének, gitár), Pete Wentz (basszusgitár, vokál), Joe Trohman (gitár) és Andrey Hurley (dobok) alkotják is a zenekart, majdnem változatlan felállásban.
Az első hanghordozó egy split kislemez volt a Project Rocket-tel közösen, még 2002-ben. Ugyanennél a kiadónál, nevezetesen az Uprising Records-nál jött ki egy évvel később a Fall Out Boy's Evening Out With Your Girlfriend, az első nagylemez. Az album megjelenését követően csatlakozott Hurley a bandához. Egy éven belül kihozták a második lemezt is Take This to Your Grave címmel, és ez már jóval nagyobb sikert ért el, aranylamez lett, a banda pedig kitört az underground státuszból, és feltörekvő poppunk zenekarrá avanzsált, bár ezen a piacon már nehéz újat mondani, és nehéz volt már 2003-ban is. 2004-ben egy akusztikus EP-vel, a My Heart Will Always Be the B-Side to My Tongue örvendeztették meg az egyre népesebb rajongótábort.
2005 nehéz év volt, Wentz öngyilkosságot kísérelt meg egy Ativan nevű szer segítségével. Az esetet a Rolling Stone magazin úgy írta le, hogy Wentz-et lenyűgözte Elliot Smith és Ian Curtis (Joy Division) személyisége és halála. Erről szól a 7 Minutes in Heaven (Atavan Halen) c. dal, a From Under the Cork Tree lemezről, amivel megpróbáltak kilépni a poppunk skatulyából, és többek közt ez a dal is hozzájárult, hogy az emo színtér is felfedezte magának a bandát. A lemez ennek megfelelően dupla platina lett, az első kislemez a Billboard Hot 100-ba is bejutott, az előkelő 8. helyre, az MTV TRL műsorában pedig 1. lett, legjobb felfedezettként Grammy-re is jelölték őket. Persze ehhez az is hozzájárult, hogy immár az Islands Records-hoz köti őket szerződés.
Nincs megállás, sikeres turnékat bonyolítottak le olyan együttesekkel, mint a Taking Back Sunday, a Less Than Jake, a Blink 182 és a From First To Last.
2007 februárjában megjelent az új nagylemez, az Infinity on High, amit egy digitális kislemez, a Leaked in London előzött meg. Ez egy január végi fellépés néhány száma, ami azután jelent meg a banda honlapján pár napra, miután az új album a megjelenést előzően már elérhető volt a fájlcserélő hálózatokon. A kislemezt csak pár napig, az album eredeti CD-jén szereplő szoftverrel lehetett csak letölteni.
Tavasszal a Plus 44-el turnéznak.